Neanderthaeler kenners?

[Isis]

erik schreef:
Een mooi voorbeeld is de brandgans: die heeft zijn eigen soortsnaam gekregen omdat \'ie zoveel afwijkt van zijn meest nauwe verwant: de canadese gans. Op basis van het verenkleed is daar wat voor te zeggen. Maar op basis van genetica zijn vele groepen van canadese ganzen te onderscheiden die meer verwant zijn aan de brandgans dan aan andere canadese ganzen...

Wat nu? Alle groepen van canadese ganzen tot soort verheffen?

Tegen: dan kan je als vogelaar geen soorten meer in je boekje schrijven, omdat je canadese ganzen niet goed op basis van morfologie kunt vergelijken.

Voor: door de verschillende soorten van canadese ganzen te benoemen krijg je een veel natuurgetrouwer beeld van de variatie die er bestaat.

Paleontologen zijn vrij standaard een aanhanger van de eerste oplossing. Pedro hoort daar zeker ook bij

[Bewerkt door Erik op 15-02-2006 om 10:59 NL]

Zouden paleontologen niet gewoon gedwongen zijn om hiervoor te kiezen omdat ze nu eenmaal niets of weinig anders hebben dan morfologie?

[Isis]

pedro schreef:
Ik zelf heb de genetisch variatie onderzocht van meerdere adderpoulaties in Nederland en het buitenland. Als ik een moderne taxonoom zou zijn, zou het mogelijk zijn om bv een splitsing te maken en de soort in te delen in twee soorten, met mogelijk enkele ondersoorten, maar dat is helemaal niet reeel.

[...]

Misschien draaf ik nu wat door. Waar het me om gaat is hoe ver moet je gaan. Dadelijk heb je van een soort die er uiterlijk hetzelfde uitziet misschien wel 5 verschillende soorten, die ook kwa verspreiding elkaar kunnen overlappen. [Bewerkt door Pedro op 15-02-2006 om 20:50 NL]

Zijn die beesten nog wel in staat om \'het\' met elkaar te doen en gezonde nakomelingen te krijgen?

Kan me zo voorstellen dat je als adder liever lui dan moe bent en het op een gegeven moment noodgedwongen alleen nog maar met naaste familie doet. Mogelijk dat je daardoor groepjes krijgt met bepaalde genetsiche kenmerken?

Iemand enig inzicht hoe dat met de menselijke populatie op de veluwe is?

[Hanneke]

isis schreef:

Iemand enig inzicht hoe dat met de menselijke populatie op de veluwe is?

Hahaha, goed punt Isis!
@ Pedro, ik ben het met je eens dat sommige software het wel erg makkelijk maken om nieuwe soorten te vinden. Niet dat dat de opzet van zo\'n programma is, maar ik heb bijvoorbeeld wel eens gewerkt met Megalign (al enkele jaren geleden, ik weet niet of het nu nog steeds gebruikt wordt) en wat me opviel was dat bij het \'alignen\' van de DNA sequences een zekere willekeur aanwezig is. Of je nou een CTA hier weg haalt of een AATT ietsje verderop zodat een stukje past, kan zeker in het oog van puntmutaties \'cruciale\' verschillen tussen \'soorten\' verwijderen of toevoegen.
Hoe ga jij daar mee om?

[Erik]

pedro schreef:
Wellicht een tussenoplossing. Een wetenschappelijke soorten indeling en een amateur indeling die we dan maar noemen Familie sp.

Hoi Pedro,
Ik denk dat je met dat latste de spijker op z\'n kop tikt. Al is het verschil amateur-wetenschapelijk niet zo gelukkig gekozen.

Er is zoveel variatie: variatie binnen individuen, tussen populaties, tussen ondersoorten, tusen soorten, tussen genera... (Linnaeus heeft er nooit bij verteld dat speciatie een geleidelijk proces is waarin voor soortsindeling geen echt goede richtlijnen zijn gegeven. Een soort is een type met daaromheen een grote \"wolk\" met daarop gelijkende beesten).

Het nut van het benoemen van soorten hangt er een beetje van af in welke variatie je geinteresseert bent. Hoe meer je in detail gaat kijken, hoe meer verschillen je vindt. Ik denk niet dat het altijd zinvol is om in even groot detail variatie te duiden. Dat zal vaak van je vraagstelling afhangen.

Erik

[Erik]

isis schreef:
Zouden paleontologen niet gewoon gedwongen zijn om hiervoor te kiezen omdat ze nu eenmaal niets of weinig anders hebben dan morfologie?

Hoi Isis,
dat hoeft nog niet per se zo te zijn. Paleontologen zouden zich eigenlijk best wat meer bewust kunnen zijn van hun erg bevooroordeelde kijk op fossielen. Het is zeker niet zo dat dat de enige manier is.

Een typische paleontologen-uitspraak vond ik die van Somniosus (in de discussie over tandjes van Mill):

\"De Miocene vertegenwoordiger van de acutissima-taurus lineage mag Carcharias taurus worden genoemd (cfr. Kemp 1991).\"

(dit is trouwens niet als kritiek bedoeld, maar meer ter illustratie) Daarin gaat hij uit van de veronderstelling dat er een (1) lineage is van Carcharias accutissima naar C. taurus. Dat impliceert dat elke C. accutissima een voorouder is van de recente C. taurus. Er zijn dus nooit \"doodlopende\" populaties of afstammingslijnen geweest.

Het is heel legitiem om je af te vragen of dat inderdaad zo is. De benadering zou een stuk objectiever zijn wanneer je je eenvoudigweg onthoudt van afstammingsrelaties. Als je dat doet kun je zeggen dat soorten erg op elkaar lijken, maar laat je de aanname dat de een dan dus de voorouder zal zijn van de ander buiten beschouwing.

Dat is voor veel taxonomen een behoorlijk principieel punt, en ze hebben daar ook wel gelijk in. Als je ziet wat een discussie de afstamming van de witte haai heeft opgelevert, dan zie je pas goed wat een puinhoop het wordt wanneer mensen verschillende eigenschappen subjectief gaan zitten wegen.

Heel veel paleontologen willen een soort graag zien als voorouder van een andere. Als je goed nagaat of dat je dat echt met zekerheid kunt weten, dan zitten er heel veel haken en ogen aan. Goede analyses met betrekking tot afgeleide en primitieve kenmerken kom ik bij haaien bijvoorbeeld zelden tegen.

Een ander mooi voorbeeld is Archaeopterix: Omdat dat toevallig de oudste fossielen zijn met veren, is het jarenlang zo geweest dat dat als eerste vogel werd gezien. Maar wie kan er met zekerheid zeggen dat dat niet een doodlopende evolutionaire weg was?
Je ziet steeds meer plaatjes en documentaires waarin (met reden)velociraptors en andere dino\'s met veren worden afgebeeld. Het zou mogelijk zijn dat dat allemaal \"vogelachtigen\" zijn die secundair het vermogen om te vliegen hebben verloren. Mogelijk is archeopterix een voorouder van een dino, en niet van de moderne vogels!

Het zijn zomaar twee voorbeelden...

groeten, Erik

[Hanneke]

Hoi Erik
Ik ben het niet helemaal met je eens. De drang om bij elk fossiel een voorouder-afstammeling relatie te bedenken is natuurlijk bij elke paleontoloog aanwezig. Ik denk echter niet dat als je je geheel onthoudt van dit soort hypotheses, je veel verder komt. Paleontologie is echter gebaseerd op de aanname dat soorten kunnen evolueren in andere soorten en dat er dus inderdaad voorouder-afstammeling relaties mogelijk zijn tussen fossielen. Het probleem met fossielen is echter dat we een zeer kleine \'sample size\' hebben van organismen die miljoenen jaren geleefd hebben. Vaak weten we niet eens van wanneer tot wanneer een soort precies is voorgekomen. Aan het maken van voorouder-afstammeling relaties op basis van alleen fossielen zitten daarom nogal wat haken en ogen aan, zoals je al zei. Mijn indruk is dan ook wel dat veel paleontologen daaraan voorbij gaan en vaak met vol trots hun nieuwe hypotheses over afstammingslijnen presenteren (denk aan de mens!). Ik denk dat iets meer terughoudendheid hierin wel goed zou zijn, maar je geheel ervan afzijdig houden vind ik weer een ander uiterste.
groetjes, Hanneke
PS: volgens mij is het huidige standpunt van Archie dat hij inderdaad een eenzame, doodlopende tak onderaan de vogels is.

[Isis]

erik schreef:
Paleontologen zouden zich eigenlijk best wat meer bewust kunnen zijn van hun erg bevooroordeelde kijk op fossielen. Het is zeker niet zo dat dat de enige manier is.

[...]

Er zijn dus nooit \"doodlopende\" populaties of afstammingslijnen geweest.

Het is heel legitiem om je af te vragen of dat inderdaad zo is. De benadering zou een stuk objectiever zijn wanneer je je eenvoudigweg onthoudt van afstammingsrelaties. Als je dat doet kun je zeggen dat soorten erg op elkaar lijken, maar laat je de aanname dat de een dan dus de voorouder zal zijn van de ander buiten beschouwing.

Dat is voor veel taxonomen een behoorlijk principieel punt, en ze hebben daar ook wel gelijk in. Als je ziet wat een discussie de afstamming van de witte haai heeft opgelevert, dan zie je pas goed wat een puinhoop het wordt wanneer mensen verschillende eigenschappen subjectief gaan zitten wegen.

Heel veel paleontologen willen een soort graag zien als voorouder van een andere. Als je goed nagaat of dat je dat echt met zekerheid kunt weten, dan zitten er heel veel haken en ogen aan. Goede analyses met betrekking tot afgeleide en primitieve kenmerken kom ik bij haaien bijvoorbeeld zelden tegen.

Volgens mij valt dat wel mee, met die vooroordelen en dat zich onbewust zijn van paleontologogen. Je ziet ook best vaak iets als Genus cf. species staan beschreven omdat het wel lijkt op de recente versie, maar de paleontoloog dat niet met zekerheid kan zeggen. Ook wordt vaak als eerste \"the poor fossil reccord\" en alle daarbij horende onzekerheden aangehaald.

Ahoewel ik me niet heel erg in de materie heb verdiept, komt het mij voor dat zelfs in de huidige taxonomische wereld nog steeds discussie plaatsvindt over de juiste definitie van het concept \"soort\". Ik gun die lui die het met nog minder aanwijzigen moeten doen (the fossil reccord) dan ook een bredere \'margin of error\'.

Het lijkt me dat het gewoon twee takken van sport zijn.

[Pedro]

isis schreef:
Zijn die beesten nog wel in staat om \'het\' met elkaar te doen en gezonde nakomelingen te krijgen?

Kan me zo voorstellen dat je als adder liever lui dan moe bent en het op een gegeven moment noodgedwongen alleen nog maar met naaste familie doet. Mogelijk dat je daardoor groepjes krijgt met bepaalde genetsiche kenmerken?

Iemand enig inzicht hoe dat met de menselijke populatie op de veluwe is?

In de meeste gebieden in Nederland krijgen adders (gelukkig) nog steeds gezonde nakomelingen. Alleen door de versnippering van veel leefgebieden, zal de komende decennia de genetische variatie waarschijnlijk wel sterk achteruitgaan.

Mannelijke adder hebben gelukkig goede hormonen en zijn in de paringstijd zeer bereid om wijfjes te zoeken en daarbij kunnen ze ook redelijke afstanden overbruggen. Verder houden de mannetjes onderling ook nog schijngevechten waarbij de winnaar met het vrouwtje mag paren, tel daar bij op dat er in de vrouwelijke voortplantingsorganen ook nog een rivaliteit is tussen het sperma van meerdere mannetjes en dus de sterkste spermacellen winnen en daardoor de levensvatbaarheid van de jongen wordt verhoogd, dan maakt het niet zoveel uit of het af en toe met familie wordt gedaan. Alleen als er alleen nog maar familie is, zonder af en toe nieuw bloed. Ja dan hebben we een probleem.

Op de laatste vraag zal ik maar niet ingaan.

[Pedro]

Hanneke schreef:
Pedro, ik ben het met je eens dat sommige software het wel erg makkelijk maken om nieuwe soorten te vinden. Niet dat dat de opzet van zo\'n programma is, maar ik heb bijvoorbeeld wel eens gewerkt met Megalign (al enkele jaren geleden, ik weet niet of het nu nog steeds gebruikt wordt) en wat me opviel was dat bij het \'alignen\' van de DNA sequences een zekere willekeur aanwezig is. Of je nou een CTA hier weg haalt of een AATT ietsje verderop zodat een stukje past, kan zeker in het oog van puntmutaties \'cruciale\' verschillen tussen \'soorten\' verwijderen of toevoegen.
Hoe ga jij daar mee om?

Hoi Hanneke,

hoe ik daar mee omga? Ik probeer verschillende software, met daarin ook verschillende similariteits coefficienten en probeer een zo objectief mogelijk beeld te krijgen. Maar het allerbelangrijkste is dat ik me daar niet meer echt in hoef te verdiepen, omdat ik dat gedeelde nu door een stagiaire laat uitvoeren. Ik kan dan mooi in de luie stoel gaan zitten en zien wat eruit komt. Maar zonder gekheid, Zij probeert nu verschillende mogelijkheden uit en programmeert daarbij ook nog eens zelf software, om te komen tot een zo goed mogelijk resultaat.

[Pedro]

Hanneke,

ik lees net mijn laatste bericht wat ik gisteren snel heb geschreven. Het lijkt nu net of ik al het werk door een student laat doen en me helemaal niet meer bezig hou met het software gedeelte. Natuurlijk is dat niet zo, alleen door tijdgebrek van mijn kant is het wel prettig dat ik een student die afstudeert dat deel van het onderzoek (software analyse van de ruwe data) kan laten uitvoeren. Zo komt er weer tijd vrij voor mij om andere vragen van het onderzoek, die anders zouden blijven liggen, aandacht te geven. Als begeleider moet je je natuurlijk blijven verdiepen in de materie, al is het minder als voorheen.